L’Église Protestante Unie de Bordeaux organise et anime directement plusieurs services auprès de personnes isolées ou en souffrance.
L’aumônerie des prisons et l’aumônerie des armées sont sous la responsabilité de la Fédération Protestante de France.
Ils participent au témoignage de l’Évangile et de la foi protestante. En lien de façons diverses avec l’Église Protestante Unie de Bordeaux, elles sont largement indépendantes dans leur gestion.